В 1980-х гг. в жизни страны произошли большие политические изменения. Была провозглашена политика перестройки и гласности, что привело к оживлению отношений между государством и Церковью. В 1988 г. с большим размахом, торжественно прошел юбилей 1000-летия крещения Руси. Начался новый этап сотрудничества власти и Церкви. На волне гласности и перестройки встал вопрос о возрождении храмов и строительства новых. 19 июля 1988 г. исполком Кировского областного Совета народных депутатов принял решение о восстановлении Трифонова монастыря как памятника архитектуры, а 23 августа 1991 года принял решение о его возвращении верующим.

Еще ранее в 1987 г. епархией был поднят вопрос об открытии в г. Кирове второго действующего храма. Люди тогда падали в обморок в единственном в городе переполненном Серафимовском храме. В этом же году было принято решение передать верующим Троицкую церковь в слободе Макарье, которая находилась в заречной части города.

25 декабря 1990 г. архиепископ Вятский и Слободской Хрисанф обратился с рапортом к патриарху и Священному Синоду «о возвращении Православной церкви женского Преображенского монастыря», так как в Кировской области «имеются монашествующие и послушницы, желающие вступить в женскую обитель». 29 января 1991 г. было получено благословение Священного Синода на возрождение древней обители.

В 1994 г. по благословению владыки Хрисанфа в слободе Макарье на территории Троицкой церкви появился новый Свято-Троицкий женский монастырь. Его настоятельницей была назначена монахиня София (Розанова), прибывшая из Костромской Богоявленско-Анастасийской обители.

В октябре 1994 г. вятскую землю, впервые за всю историю епархии, посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексей II. Он совершил Божественную литургию в восстановленном Успенском кафедральном соборе Трифонова монастыря и посетил вновь открытый Свято-Троицкий женский монастырь.

Возникает вопрос: почему женская монашеская община возникла не на территории бывшей Преображенской обители? В годы советской власти в храмах и монашеских кельях размещались коммунальные квартиры и учреждения города. В 1990-е годы началось расселение жильцов. Большую помощь в этом оказывал мер города Анжелий Михайлович Михеев. Первым был освобожден Тихвинский корпус. Но к разрушенным квартирам примыкали еще жилые помещения, расселить которые не было возможности ни у города, ни у области. В связи с этим начать реставрацию монастырского комплекса было невозможно. Постепенно началось расселение семей из здания Преображенской церкви. Его освободили от перекрытий и поздних перегородок.

Монастырь находился в удручающем состоянии. С годами разрушились стены, кровли храмов и корпусов.